Pada mulanya masyarakat Desa Nipa adalah suku balantak yang tinggal di mata air Molino di bawah Pimpinan Kepala Suku PAPALAN Tahun 1880, Molino artinya jernih
Masyarakat Nipa (Molino) berkembang dari tahun 1880 sampai tahun 1920 dengan beberapa pergantian kepala suku dengan mata pencaharian bercocok tanam dan masih primitiv.
Pada tahun 1920 dipimpin kepala suku Pisang Beroa pindah ke pinggiran pantai dan berubah nama menjadi kampung Nipa, pada saat penduduk desa nipa sudah memeluk agama kristen protestan.
Adapun susunan nama – nama yang memimpin desa Nipa adalah sebagai berikut :

• Periode 1880 – 1920 dijabat oleh PAPALAN ( di Molino ).
• Periode 1920 – 1931 dijabat oleh PISANG BEROA
• Periode 1931 – 1936 dijabat oleh JONATAN SUDARA.
• Periode 1936 – 1948 dijabat oleh KRUSTIAN TINTILO.
• Periode 1948 – 1952 dijabat oleh ALBERT LINTOE.
• Periode 1952 – 1957 dijabat oleh LODEWYK SAPARO.
• Periode 1957 – 1961 dijabat oleh DANIL NANDI.
• Periode 1961 – 1970 dijabat oleh ALBERT LINTOE
• Periode 1970 – 1974 dijabat oleh BERNADUS SUDARA
• Periode 1974 – 1980 dijabat oleh KAREL SAPARO
• Periode 1980 – 1983 dijabat oleh BERNADUS SUDARA
• Periode 1983 - 1987 dijabat oleh FRANS TANUS
• Periode 1987 – 1992 dijabat oleh FREDRIK KAMATI
• Periode 1992 – 1993 dijabat oleh MARTEN MANUBE
• Periode 1993 - 1994 dijabat oleh YOKTAN LANIPI ( enam bulan )
• Periode 1994 - 2005 dijabat oleh Y.M SANAKO
• Periode 2005 dijabat oleh. HENGKI SUDARA (enam bulan)
• Perione 2005 – 2016 dijabat oleh ISHAK TINTILO
• Periode 2018 hingga sekarang dijabat oleh YOSDI NOLDY KAMATI, SE